Z poľovníckej literatúry sa dá dokázať, že už niekoľko storočí sa objavovali psy podobné dnešnému prepeličiarovi, ktoré sa používali na sliedenie za zverou. Aj označenie „prepeličiar“ sa dá historicky doložiť.

S čistokrvným chovom prepeličiara sa začalo na prelome 19. a 20. storočia. Základným kameňom chovu bol plemenník „Lord Augusta 1843 L“, pochádzajúci zo Staufenbergu v Bavorsku. S niekoľkými, k nemu vhodnými sučkami sa začalo s čistokrvným chovom. Spočiatku sa vyskytovali len hnedé alebo hnedobiele jedince, zvláštnosťou boli jedince, ktoré mali malé červené znaky na hlave, tzv. pálenie. Sučkou „Baby auf der Schanze 1838 L“ sa začal chov hnedých sivkov.

Rudolf Fries (R. F.), ktorý po desaťročia významným spôsobom ovplyvňoval chov nemeckého prepeličiara, začal s oddeleným chovom farebných rázov (hnedý a hnedý sivko). Jeho cieľom bolo napriek úzkej východzej báze chovu cieleným párením vo vnútri oboch farebných rázov zabrániť škodám, ktoré by mohla spôsobiť príbuzenská plemenitba. Rozdelenie farebných rázov prebehlo zmysluplne aj vďaka mierne rozdielnym vlohám týchto psov. Hnedé sa osvedčili na krátke vzdialenosti, hnedí sivkovia sú vhodní na dlhé vzdialenosti pre ich mimoriadnu spoľahlivosť na stope.

Rozdielne vlohy už dnes neplatia za spoľahlivý znak na rozlíšenie, lebo v priebehu času došlo z rôznych príčin viackrát k spojeniu oboch farebných rázov. Celkovo ale dodnes slúži toto rozdelenie na zachovanie nepríbuznej krvnej rezervy vo vnútri plemena.

Nemeckého prepeličiara chovajú a budú chovať výlučne poľovníci ako sliediča a mnohostranného poľovného psa.